アグロバクテリウム法の他にも、有用遺伝子を物理的な方法で細胞内に直接打ち込むパーティクルガン法がある
金やタングステンなどの重たい金属の微粒子に有用遺伝子を組み込んだプラスミドを付着させ、 高圧ガスや火薬などを使って目的の植物体の中に打ち込む
この方法でもアグロバクテリウム法の場合と同様に、遺伝子を組み換えた細胞を数多く作り、 目的の遺伝子が導入されたものだけを選択する必要がある。
この方法は、アグロバクテリウムが感染しない植物に対しても行なうことができるが、 遺伝子が入る確率が低いなどの問題点もある。